八旗军入主中原的分工很有意思，简单来说就是他们对抗李自成、夺取江南时用的是两黄旗和两白旗，但在对抗李定国和郑成功时主要以两红旗和两蓝旗为主。
清军南下之初，多尔衮三兄弟紧密合作，他们三兄弟的主力部队就是两白旗，两白旗在山海关之战等重要战役中表现出色，阿济格甚至亲率镶白旗精锐骑兵在山海关冲锋作战。当时两黄旗的军队人数远不如两白旗，但由于皇太极的一系列动作，两黄旗也集中了大量猛人。多尔衮一边在两黄旗排挤鳌拜等皇太极的粉丝，一边也重用两黄旗部队。潼关之战多铎击败李自成的步兵，主要就是出动了镶黄、正蓝、正白三旗的精锐。在著名的扬州之战中，首先登上扬州城头的就是镶黄旗和正白旗的部队，最早和史可法展开巷战的部队也是镶黄旗巴牙喇和正白旗部队。八旗军进攻四川，箭射张献忠的神射手觉罗雅布兰也是镶黄旗出身。
当时八旗中兵力第二多的镶蓝旗（33个牛录）遭遇了多尔衮的打压，因为按照八旗军内定的人选，兵力远超多尔衮的济尔哈朗才是军事负责人，多尔衮借故抢走弟弟多铎的十五个牛录后，才夺取了军事指挥大权。多尔衮在南下战争中很少让济尔哈朗出战，济尔哈朗在多尔衮时代，只收拾过山东的农民军和湖南、广西的南明军队。
多尔衮死后，顺治收回了权力，顺治可没重用两黄旗和两白旗的大臣。这大概是因为当时两黄旗和两白旗人员损失较大的缘故，顺治重用的两红旗和两蓝旗。两蓝旗中的镶蓝旗兵力雄厚，济尔哈朗又是老将，是顺治需要的最佳炮灰。正蓝旗的旗主原本是豪格（后来被安排成多尔衮的嗣子多尼），皇太极家族在正蓝旗中有很大的影响力。正蓝旗中还有岳乐家族的势力，岳乐可是顺治的政治知己，顺治一度要把皇位传给岳乐。两红旗的代善去世后，两红旗都是小辈当家，他们有征战天下的实力，没有挑战顺治的底气。
因此顺治就把朝中主要职位都安排给两红旗、两蓝旗出身的宗室大臣，两红旗分到了最大的蛋糕。满清六部中正红旗的满达海（代善家的老七）管吏部，正蓝旗的博洛（岳乐的兄弟）管户部，镶红旗的尼堪管礼部，镶红旗的硕塞（他不是代善的后人，他是皇太极的儿子、顺治的哥哥）管兵部，正红旗的勒克德浑（代善的孙子）管刑部，正红旗的瓦克达（代善之子）管工部，镶红旗的喀尔楚浑管理藩，镶蓝旗的务达海管都察院，两红旗和两蓝旗的大臣都很满意（正蓝旗觉得有望继承大宝，镶蓝旗的济尔哈朗是仅次于顺治的二把手）。
在具体分工上，顺治把对付郑成功的重任交给了济尔哈朗家族，济尔哈朗的世子济度一度被安排对付郑成功，两红旗兵力自然被用来对付李定国。这顺治的想法很美好，但现实很残酷。年前后博洛、满达海、瓦克达、喀尔楚浑、勒克德浑五人去世，顺治不得不派了尼堪迎战李定国，结果李定国干掉了尼堪。满清军队只能教给济尔哈朗的逆子屯齐，屯齐这个小王八蛋当年敢告自己亲爹，人品很渣，但战力不弱，他击败了孙可望，勉强挽回了局势。济度在对抗郑成功时，也总是喊着有病，死活不上战场，让郑成功闹出了大新闻。
满清八旗的兵力和人才在顺治年间都很紧张，但它的对手更能内讧，它这才赢得了比烂大赛的胜利。
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