这个问题比较复杂，皇室的范围也比较广，如果把皇室只定义为皇帝的家人，那么皇室就包括：皇帝、皇后、太后、嫔妃、公主、阿哥等等。
当然如果皇室只是指的皇室家族和宗亲，那么皇室里的人就有王爷、郡王、贝勒、等爱新觉罗的孙子。
所以要问清朝皇室都是属于八旗中的哪一旗，只能说哪一旗都有，皇帝不属于任何一旗。
清朝是生活在东北地区白山黑水的女真族建立的，最早的时候东北女真分为建州女真、海西女真、野人女真三大部分。
建州女真的爱新觉罗氏有一个叫努尔哈赤的年轻人，因为父亲和祖父被明军误杀，于是他开始用先父留下的十三副遗甲起兵，统一了女真各部，建立后金，成为明朝在东北的主要对手。
努尔哈赤之所以在很短时间内统一女真各部，得益于他的八旗制度，其实所谓八旗制度就是一种兵民合一的社会组织，目的就是把女真人编制在一起，平时打猎生活，发生战争随时转为兵。
由于女真人平时经常打猎，骑射本领很强，所以这样编制起来的女真人战斗力很强。
努尔哈赤规定女真人为一牛录，5牛录为一甲喇，5甲喇为一固山，固山在满语中就是指的“旗帜”，所以努尔哈赤创建的军事制度称为八旗。
最初努尔哈赤只有一旗兵力，后来又陆续创建了其他各旗，努尔哈赤的儿子皇太极又完善了八旗制度，创建了汉军八旗、蒙古八旗，从那以后，八旗制度正式形成，而满人每个都是有旗籍的。
顺治帝入关后，八旗进入内地，开始了圈地活动，八旗子弟也成为了贵族，由于八旗子弟的人口爆炸式增长，八旗子弟的生计问题一直困扰到清朝灭亡。
很多人都有一个误区，那就是上三旗都是地位高的皇室，而下五旗都是一般的贵族，而实际上不是这样的，八旗从努尔哈赤到顺治帝，经历了数次的改色和混编。
顺治帝亲政后，为了防止八旗旗主左右皇权，直接把八旗中最强的正黄旗、镶黄旗、正白旗全部抓在自己手里，皇帝成为上三旗的旗主，并且顺治帝规定上三旗只有皇帝一个王。
这样一来，其他的皇室只能到下五旗，所以上三旗的皇室宗亲并不多，只有下五旗的才是真正的皇室宗亲。
顺治帝规定上三旗由皇帝掌握，剩下的五旗则是由开国时的八旗旗主后人掌握，就像正红旗都是礼亲王代善的后人掌握，镶白旗则是由肃亲王豪格的后代掌握，镶红旗则是克勤郡王岳托掌握，正蓝旗则是由豫亲王多铎掌握，镶蓝旗则是由郑亲王济尔哈朗掌握。
当然上面的这些只是指的旗主，至于皇室的人，则是哪个旗的都有，皇室家族其实不在上三旗，不代表着不尊贵。
因为上三旗和下五旗对于旗人是没有什么区别的，只是对于包衣佐领有区别，上三旗的包衣佐领下人都是为皇帝服务的，下五旗的包衣佐领都是为王公服务的，所以就是当谁的奴才问题，对于旗人没有这个烦恼。
下面一个个说一下清朝皇室都是在哪个旗。
皇帝
清朝初期，皇帝一般是掌握两旗兵力的，就像努尔哈赤，他掌握两黄旗，所以不能确定这时的努尔哈赤是哪个旗，并且满人没有入关时，旗籍还没有固定下来，八旗旗主之间经常变换，旗色也经常改变。
皇太极没继位时，他还是正白旗的旗主，结果他登基后，自己的正白旗变成了正黄旗，所以清朝入关前旗色经常变。
可能旗下的旗民今天还是正黄旗，明天就变成了正白旗，这都是有可能的，但是可以肯定的是皇帝是掌握两黄旗的，因此皇帝不属于哪一旗，他是特殊的，因为他掌握两旗人马。
皇太极死后，多尔衮掌握大权，八旗又进行了改色和混编，旗主也在一直变化，但是顺治帝亲政后，八旗旗主算是定了下来。
顺治帝因为幼年被多尔衮欺负，他深知八旗旗主的厉害，因此为了掌握大权，顺治帝亲自掌握了多尔衮的正白旗，加上自己的两黄旗，顺治帝掌握了三旗兵力。
即使这样顺治帝仍然不放心，他把两黄旗和正白旗定为了上三旗，表示上三旗的一直由皇帝统领，上三旗没有其他王，皇帝是三旗总旗主。
所以顺治帝以后的皇帝都是上三旗的旗主，皇帝也就没有了旗籍，因为他不属于哪一旗，他掌握三旗，至高无上。
至于有人说镶黄旗是头旗，皇帝的旗籍在“头旗头参领头佐领”里，所以皇帝一家在旗籍上是“镶黄旗满洲第一参领第一佐领”的人。但是这种说法是不对的，因为皇帝不可能在哪个佐领下，更不可能服从哪个佐领的管理，所以皇帝是没有固定旗籍的。
皇后
清朝的皇后一般都出身比较高贵，很多皇后都是满洲正黄旗或者满洲镶黄旗的，清朝入关前旗籍比较混乱，皇帝为了安抚蒙古，有很多蒙古族的皇后，所以不属于哪一旗。
但是顺治帝以后，从康熙皇帝开始，国家已经大一统，清朝皇帝再也不需要娶蒙古女子了，这样皇后的出身都比较高。
例如，康熙皇帝一共有四个皇后，其中孝诚仁皇后赫舍里氏是满洲正黄旗人、孝昭仁皇后钮祜禄氏是满洲镶黄旗、孝懿仁皇后佟佳氏是满洲镶黄旗、孝恭仁皇后乌雅氏（一开始是满洲正黄旗包衣，后来抬入了满洲正黄旗）。
通过康熙皇帝的皇后就说明，一般皇后出身都是正儿八经的两黄旗人，即使有个别不是两黄旗人，也会通过抬旗进入两黄旗人。
后来乾隆皇帝的皇后也有过抬旗的情况，比如乾隆的第二任皇后那拉氏本来是镶蓝旗人，后来被乾隆抬进了正黄旗。乾隆的第三任皇后魏佳氏，也就是嘉庆帝的生母，也是从正黄旗包衣抬到了镶黄旗。
当然，除了两黄旗，还有正白旗的皇后也出现过，比如道光帝的母亲就是正白旗的。
所以，清朝的皇后不管是后来抬得也好，还是原来就是也好，最后都是上三旗人。
太后
清朝的太后其实可以参考皇后，因为皇帝的皇后如果可以活到皇帝驾崩，都会成为太后，因此太后的旗籍应该也和皇后一样，都是上三旗的人。
当然清朝前期的不算，毕竟孝庄这样的是蒙古人，不是属于哪个旗的。
皇帝的嫔妃
这个就不好确定了，前面说了皇后如果不是两黄旗的人，都会被皇帝抬旗，抬到两黄旗，但是嫔妃就不会这样好运了。
皇帝的嫔妃，除了皇帝比较喜欢的，会恩宠抬旗，而一般的嫔妃之前是什么旗就一直是什么旗。
有人问，难道嫁给皇帝不自动进入上三旗吗？这个还真不会，原因很简单，皇后有的都需要抬旗，更何况嫔妃。
以乾隆皇帝的嫔妃为例，他的5位皇贵妃基本上都抬旗了，慧贤皇贵妃高佳氏就从镶黄旗包衣抬到了镶黄旗人、淑嘉皇贵妃金佳氏从内务府包衣抬到了满洲正黄旗、纯惠皇贵妃苏氏入了正白旗、庆恭皇贵妃陆氏入了镶黄旗。
但是乾隆其他嫔妃，有的就没有这个机会了，例如循贵妃伊尔根觉罗氏，满洲镶蓝旗人，她没有被抬进两黄旗。
所以清朝皇帝的嫔妃，真是哪个旗都有，汉军旗和蒙古旗的也有。
皇子
清朝的皇子在清朝前期，分到哪个旗的都有，比如太祖努尔哈赤的子孙：
镶红旗：褚英子孙、代善第二子岳讬子孙、阿济格子孙；
正红旗：代善子孙（除岳讬一支外）；
正蓝旗：阿拜子孙、阿巴泰子孙、赖慕布子孙、多尔衮子孙、多铎子孙；
正白旗：汤古代子孙、塔拜子孙；
正黄旗：巴布泰子孙；
这就说明努尔哈赤的子孙在哪个旗的都有，当然皇太极作为皇帝，还是不属于固定的哪个旗。
皇太极的儿子也一样，哪个旗都有。
镶白旗：豪格子孙；
正黄旗：叶布舒子孙；
镶红旗：硕塞子孙；
正黄旗：高塞子孙；
镶黄旗：常舒子孙、韬塞子孙；
这也可以看出清朝入关前，皇帝的儿子随便分旗，有的直接在正黄旗，属于皇帝的旗人。
例如正黄旗满洲第二参领下第十佐领与第十一佐领，即是清太祖之子巴布泰的后裔管理的佐领。巴布泰，系清太祖小福晋所生庶子。正黄旗满洲第三参领第十七佐领，为清太宗第四子叶布舒后裔管理的佐领。
但是顺治帝规定了上三旗和下五旗以后，上三旗不能有王公，这样一来皇帝的儿子再也不会分到上三旗了，而是皇子们成年后都被分到下五旗，当然皇子到下五旗都是当小旗主，用来分化旗主的权力。
其中雍正皇帝当皇子时就分到了镶白旗担任小旗主，其他的皇子也都分封在了下五旗。比如十三爷允祥被封到了正蓝旗，就连太子允礽都分到了镶蓝旗。这也说明了，皇帝的皇子成年后必须要分到下五旗，不管是什么身份，这样可以保证上三旗没有王爷。
当然雍正皇帝是皇子的时候分到了镶白旗，但是后来人家是皇帝了，自然不再属于镶白旗了，不过其他阿哥的后人旗籍是不会变了，十三爷的后人都是正蓝旗，这些都是可以查证的。
因此，清朝入关前，皇帝的儿子在哪个旗的都有，而清朝入关后，皇帝的儿子到了成年后，是要进行分旗的，所以清朝入关后，皇帝的儿子都在下五旗。
最后再说一下宗室
其实宗室可以参考一下皇子，毕竟皇子当不了皇帝就会成为宗室，这样清朝的皇室宗亲也是哪个旗都有。
但是一般来说上三旗的宗室很少，因为只有清朝前期部分皇子分到了上三旗，人数有限。
后来的皇子都是在下五旗，所以清朝的宗室在下五旗的比较多。
综上所述，清朝的皇室，只有皇帝没有固定旗籍，其他的无论是皇后、太后、嫔妃，还是亲王、郡王、贝勒，都是有自己的旗籍。只不过皇室宗亲都会分到下五旗，从而确保上三旗只有皇帝一个王。皇后和太后都会是上三旗的人，毕竟都坐过皇帝的正妻，地位不可能低的。
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