康熙帝即位年纪才八岁。由四个满族大臣帮他处理国家大事。大臣中有个叫鳌拜,仗着自己掌握兵权,欺负康熙帝年幼,独断专横。意见不合就遭到排挤打击。康熙六年六月索尼去世后,鳌拜成为首席辅臣,遏必隆对他亦步亦趋,苏克萨哈更加孤立。玄烨亲政伊始,苏克萨哈请求“往守先帝陵寝”,以期迫使鳌拜、遏必隆也辞去辅政。鳌拜为独掌辅政大权,罗织苏克萨哈的“罪状”,企图将他置于死地。尽管玄烨坚决反对,但鳌拜等不肯罢休,竟将苏克萨哈及子孙全部处死。
清王朝进关后,用强迫手段圈了农民大片土地,分给八旗贵族。鳌拜掌权以后,仗势扩大占地,还用差地强换别旗的好地,遭到地方官的反对。鳌拜诬陷这些官员大逆不道,把反对他的三名地方官处死了。玄烨在身边聚集起一批年轻的满族贵族成员,索额图即是其中的突出代表。索额图为索尼之子,孝庄选中他的侄女赫舍里氏做皇后,加深了索尼家族与清皇室的关系,也加强了正黄旗对皇室的向心力,并影响到镶黄旗。索额图对玄烨十分忠诚,在清除鳌拜集团的过程中,成为玄烨得力的助手。
打那以后,康熙帝决心除掉鳌拜。他派人物色了一批十几岁的贵族子弟担任侍卫,这些少年个个长得健壮有力。康熙帝把他们留在身边,天天练摔跤。鳌拜进宫去,常常看到这些少年吵吵嚷嚷在御花园里摔跤,只当是孩子们闹着玩,一点不在意。
年五月十六日,鳌拜奉召进宫,旋即被卫队擒拿,其主要党羽也先后被逮捕归案。考虑到鳌拜以往的功绩,玄烨对他予以宽大处理,免死,籍没家产,终身监禁;对其众多追随者,也只处死最主要的几人,其余一律宽免;就连遏必隆也被免罪,仅革去太师,后又给还公爵,值宿内廷,恢复对他的信任,从而团结了镶黄旗。鳌拜被抓进大牢,康熙帝马上要大臣调查鳌拜的罪行。大臣们认为,鳌拜专横跋扈,擅杀无辜,罪行累累,应该处死。