八旗制度是清代著名的军事制度，它起源于女真人的狩猎习俗，努尔哈赤最初起兵之时以黑旗为帜，后来有将队伍分出红旗和黄旗两支，形成了黑、红、黄三旗。
随着努尔哈赤对女真部的统一，其手下的军队越来越多，于是在年前后，努尔哈赤参照金国时期的猛安谋克制度，建立了“四旗制”。
努尔哈赤一牛录为单位，规定每人为一牛录，5牛录为一甲喇，5甲喇为一固山，分别设立牛录额真 、 甲喇额真 、 固山额真（都统）为各级长官，所有军队分属于：红、黄、白、蓝（取代黑旗）四旗。
到年，努尔哈赤又将四旗扩充为八旗，设立：正白、正黄、正红、正蓝、镶黄、镶红、镶白、镶蓝八支队伍。当时各旗的旗主分别是：
努尔哈赤：正黄旗和镶黄旗（其中镶黄旗是首旗）
代善：正红旗和镶红旗 （努尔哈赤次子，当时长子褚英已死，代善就是大贝勒，备受努尔哈赤器重，因此掌管两旗帜）
皇太极：正白旗（努尔哈赤第八子）
杜度：镶白旗（努尔哈赤长子褚英之子，努尔哈赤之孙）
莽古尔泰：正蓝旗（努尔哈赤第五子）
阿敏：镶蓝旗（努尔哈赤弟弟舒尔哈齐之子，努尔哈赤之侄）
八旗在建立之初只有女真人，虽然在征伐的过程中不断吸纳汉人加入，但这些汉人的地位仍是奴隶。不过被征调参军的汉人可以被编成“汉军户”，地位高于其他汉人。到皇太极时期，皇太极逐渐建立了八旗蒙古和八旗汉军，八旗制度趋于完善。
在清兵入关之后，八旗制度渐渐深入人心，随着一系列清宫戏的热映，人们对于八旗制度也更加关心，其中像什么“汉军旗”、“满洲旗”、“蒙古旗”这些概念开始为人所熟知。
到了今天，很多人都认为八旗分为三支：满洲八旗、蒙古八旗、汉军八旗。其中满洲八旗地位最高，蒙古八旗次之，汉军八旗再次之。
但是在这里大家搞错了一个概念，八旗始终只有一支，就是正白、正黄、正红、正蓝、镶黄、镶红、镶白、镶蓝八支队伍。八旗是凌驾于民族的，关于满洲、蒙古、汉军正式的称呼应该是：八旗满洲、八旗蒙古、八旗汉军。
例如镶黄旗旗主是统领整个镶黄旗，这里面包括：镶黄旗满洲、镶黄旗蒙古、镶黄旗汉军。不存在单独的“汉军镶黄旗旗主”，只是设有镶黄旗汉军都统一职。
因此在八旗中“旗籍”永远在“民族”之前，无论是满洲、蒙古还是汉军，大家首先都是旗人，然后才是民族。
比如和珅大人在遇到老旗主时，会自报家门道：小的和珅，正红旗满洲人。满人一般是称名不称姓，所以和珅只报了自己的名字，然后是自己的旗籍——正红旗，最后才是自己的民族——满洲。
再比如范文程的儿子范承谟，他就是属于镶黄旗汉军，他的旗籍是镶黄旗，与镶黄旗满洲、镶黄旗蒙古是一样的，都是镶黄旗，只不过他是镶黄旗里面的汉军。在清代，镶黄旗与正黄旗和正白旗同属于上三旗，所以说说范家所在的旗籍地位是不低的。
清朝初年，八旗汉军为清廷征战天下立下了汗马功劳。相较于满洲和蒙古，汉军在关外征战是军纪尚可，对汉人的劫掠也较为克制，毕竟同属于一个民族。可以毫不夸张的讲，如果没有汉军的加入，清军是打不下天下的。清初比较著名的汉军旗人有：范文程、李永芳、孔有德、耿仲明、尚可喜、孙定辽、刘武元、王世选、佟养正。
但是要说明的是，虽然同属于八旗，但汉军的地位确实是最低的。在清代中央官职都是分满汉两席，如吏部尚书就分为满尚书和汉尚书，这些满洲席位专供旗人担任，但一般是优先让满洲旗和蒙古旗人充任，很少有汉军旗充任满洲缺。
而在八旗内部，满人可以担任汉军旗的都统或副都统，但汉军旗人通常只能当汉军的都统，不可以担任满洲或蒙古旗的都统，哪怕是副都统都不行，即便是汉军世家也不行。
康熙和雍正时期的重臣隆科多，他们家族就是汉军旗，本姓佟，属于汉军正蓝旗。佟家一共出过两位皇后，分别是：孝康章皇后（康熙生母）和孝懿仁皇后（康熙的皇后）。隆科多的祖父佟图赖还是一等公，按理说这样的家世已经很无敌了。
但是佟家仍旧时不满自己汉军旗的身份，为此隆科多的伯父佟国纲便以“家族本为满洲”为由，申请改为满洲旗。
目前对于佟家祖上到底是汉人还是满人还存有争议，但是在清廷看来，佟家归降时就是汉人，隆科多先祖佟养正在归附努尔哈赤之后就列为汉军旗。
不过最后康熙还是同意了佟国纲的请求，将其家族部分人口抬旗入镶黄旗满洲，其家族也改姓为“佟佳氏”。
为了显示自己是满洲身份，从佟国纲之后，入满洲籍的佟家人都起满洲名，佟国纲弟弟佟国维的儿子都是满洲名，其中佟国维第三子就叫隆科多。佟家如此显赫的家世都期望加入满洲籍，可见汉军和满洲的地位差距是很大的。
其实满洲统治者一直对汉军抱有歧视，毕竟在血缘上汉军就是汉人，满洲统治者对汉军总是不放心。只不过在清朝中前期，满洲的治国经验还不足，需要汉军的帮助。等到乾隆时期，随着满洲人对国家的控制越来越严密，对汉军的依赖程度就越低，对汉军的排斥也越来越大，乾隆皇帝更是多次表现出视汉军为汉人的倾向。
乾隆七年，清廷正式发布了令汉军旗人出旗自行谋生的谕旨。清廷表面上是表示采取自愿原则出旗，但实际上是强制部分汉军脱离旗籍。只有从龙入关的辽东汉军不在出旗之列，除此以外在入关后收编的汉军、原属于三藩的汉军、旗人保养的民人之子、汉军户下家奴等等皆必须出旗为民，史称“汉军出旗”。
汉军出旗是清朝统治者一种卸磨杀驴的行为，在雍正继位之初，汉军与汉人家奴壮丁共计44万余人，约占八旗人丁总额的72%。但在经历汉军出旗之后，到嘉庆继位时，汉军和汉人家奴的人口已降至总人口的43%。
不过随着时间的进一步推移，到了清朝末年，旗人团体之间的民族隔阂已经模糊了很多，大家又重新认同了“旗人”的身份。到了建国后统计民族身份时，很多汉军旗人和蒙古旗人都选择加入满族。
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