八旗制度最初源于满人的狩猎组织。最初只有两个旗，分别是清太祖努尔哈赤所领的黄旗和努尔哈赤弟弟所领的黑旗。但由于黑旗在夜间不便区分，所以就改成了蓝旗。随着努尔哈赤势力的扩大，旗下人口增多，于是又增添了一个白旗。后来，努尔哈赤将原来的三旗改为正黄旗、正白旗、正蓝旗、正红旗四旗。
不久，又在四旗的基础上增设镶黄、镶白、镶红、镶蓝四旗。至此，八旗制度初步形成。
而镶黄旗是努尔哈赤唯一亲领的旗，所以镶黄旗也被称为头旗，此后也一直被称为八旗之首。
清初时期，旗主的权力还是非常大的。后来经过几代皇帝的不断分化，八旗实际控制人都是皇帝本人了。随着八旗子弟的身份提高，八旗子弟内部还出现了身份等级分化，也就是清朝所谓的上三旗和下五旗之分。
上三旗指的是镶黄旗、正黄旗、正白旗。
上三旗包衣和下五旗包衣在待遇上差别巨大，前者是吃皇粮，后者是领王府俸禄。此外，上三旗旗人比下五旗旗人拥有更多机会，比如皇宫内廷侍卫一般都是上三旗旗人才能担任。在上三旗中，头旗为镶黄旗而不是正黄旗，有很多我们听说过的满族贵族姓氏，都是镶黄旗的成员。下五旗则完全没有先后之分。
八旗是清朝特有的一种身份制度，八旗旗主在清朝确切地说是没有品级的官员，别看人家没有品级，就算是大学士和军机大臣这些相当于宰相的高官见到他们也得下跪行礼。
后来混乱番制，这些八旗领导权利，都落到皇亲国戚的手里，地位和权利也和皇家无而无别。
这样的体制后来成了腐败中心也就不足为奇，清朝的没落也是八旗没落引起的。
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