大明万历十二年（年），辽东建州左卫指挥使努尔哈赤以父祖所留下的十三副铠甲和大明赐下的三十匹马、三十道敕书（贸易凭证）为起家之本，正式展开了统一辽东女真各部的进程。在之前的数百年里，辽东女真部落的社会生活，是半游牧半渔猎方式；为了更好的在狩猎、迁移、采集活动中获取更大更多的资源，就有必要集中部落全体成员共同、统一行动，这个统一行动的组织在女真语中叫做“牛录”，由部落中有威望、有组织能力，可以号召、聚集大家统一行动的人作为首领（此时还没有“牛录额真”的名号），这就是辽东女真部落最开始的社会形式。努尔哈赤刚刚承继建州左卫的时候，也是遵循这样的部落管理模式，建州左卫内部也存在有若干“牛录”，分别由努尔哈赤的弟弟、亲信管理。
当时一个“牛录”的管辖人口大约为三百户（实际情况不一定是三百户这么多），努尔哈赤继任建州左卫指挥使后，屡次兴兵攻伐其他部落，掠得大量人口、土地，简单的“牛录制”已经不能满足建州左卫的军政治理需要，于是努尔哈赤在“牛录”之上加设了更高一级的的管理层次，用黑色旗帜作为统一指挥的标识，“旗帜”一词在女真语中叫做“固山”，所以努尔哈赤新设立的军政合一社会组织形式就叫做“固山”，汉译名为“旗”。这是日后清朝“八旗制度”的起源，而努尔哈赤就是建州左卫“固山”的唯一首领，即“旗主”（虽然这个时候还没‘旗主’的称呼）。
努尔哈赤于大明万历十七年（年）统一建州三卫，初步建立起了政权，由于接连获胜，他所治理的人口大量增加，势力范围迅速扩大，需要管理的事务也越来越多；于是，努尔哈赤在这一年增设了新的“固山”，改用红旗作为标志，由自己亲自统领，原有的“黑旗固山”则让弟弟舒尔哈齐统领。也就是说，这个时候的建州女真，努尔哈赤是红旗“旗主”，舒尔哈齐是黑旗“旗主”（旗主的称呼源于此）。
大明万历二十一年（年），努尔哈赤将海西女真哈达部收编，并增设了白旗“固山”，以哈达部首领吴尔代为“旗主”，努尔哈赤的长子褚英则被授命“协管白旗”，即白旗的“小旗主”（领主）。同时，努尔哈赤将自己亲领的红旗改为黄旗标识，舒尔哈齐的黑旗则改为蓝旗标识，至此，建州女真有了黄、白、蓝三旗（在努尔哈赤的策划下，吴尔代不久后就被免去白旗旗主，改由褚英接任，褚英即新一任白旗旗主；另外，努尔哈赤的次子代善也被安排进入蓝旗，成为蓝旗的小旗主，“协助”叔父舒尔哈齐治理蓝旗）。
在势力范围和统治人口大大扩张后，努尔哈赤为了更好的管理军政事务，便在这一年参照女真金国政权当年的“猛安谋克”制度，对建州政权进行大规模的社会架构改造，建立了“牛录、甲喇、固山”三等管理机构，并规定一牛录领丁三百人（含有三百名成年男子的户数）、五牛录为一甲喇，五甲喇为一固山（即一旗），牛录首领正式命名为“牛录额真”，甲喇首领则命名为“甲喇额真”（固山首领即旗主，此时还没有固山额真的官职）。不过这个制度并没有得到很规范的实施，建州女真的社会制度依旧比较混乱、无序。
大明万历三十五年（年），努尔哈赤和弟弟舒尔哈齐因权力之争而闹翻，舒尔哈齐被剥夺了蓝旗的统治权、幽禁致死，而原来的蓝旗也被分割开来，一半由舒尔哈齐的次子阿敏统领，另一半则归属于小旗主、努尔哈赤的次子代善。代善得到半个蓝旗后，建立新的“固山”，以红旗作为标识。建州女真此时就有了“黄、蓝、白、红”四旗，旗主分别是努尔哈赤本人（黄旗）、侄子阿敏（蓝旗）、长子褚英（白旗）、次子代善（红旗）。
万历三十五年（年），白旗旗主褚英在乌碣岩之战中大破海西女真乌拉部，得到捷报的努尔哈赤高兴不已，加封长子为“阿尔哈图图门贝勒”，授命他“协理国政”，已经把褚英当做储君来看待了。（“阿尔哈图图门贝勒”，汉译为“广略贝勒”；褚英也是第一个得到贝勒称号的努尔哈赤子侄辈）。
但褚英掌权后专横跋扈、以手中的权力肆无忌惮地削夺努尔哈赤心腹“五大臣”、及诸弟的财富和利益，抢夺他们的权力，致使其在建州内部陷入孤立、为人所厌恶。努尔哈赤得知实情后，为了保持建州内部的团结，经过深思熟虑之后，于万历四十一年（年）取消了褚英的‘协理国政’权力，希望他能够反躬自省。可褚英却因此“心怀怨望、有咀呪之罪”，暗地里诅咒父亲出征失败，扬言要“诛杀与我为恶的诸弟及诸大臣。”努尔哈赤得知后，立即将褚英革去白旗旗主及其他一切职位，幽禁于高墙中，将白旗的一小部分给褚英的长子、自己的长孙杜度继承，大部分白旗牛录则交给第八子皇太极（洪太）统领，由此，白旗旗主变成了皇太极，杜度则成为白旗小旗主。（褚英被幽禁两年后，于万历四十三年（年）被努尔哈赤下令处死，以绝后患。）
大明万历四十三年（年），经过三十年的征战，努尔哈赤已经统一了除叶赫部之外的所有辽东女真部落，漠南科尔沁蒙古也前来归附，建州女真的统治范围、治理人口、领有的军队都到了前所未有的巅峰，原有的四个“固山（旗）”已经管理不过来了，急需建立新的统治机构，以更好地治理所管辖的疆土和领民。于是，努尔哈赤在这一年把领下的“黄、蓝、白、红”四旗以及“固山、甲喇、牛录”三级军政机构重新调整，加设了四个“固山”——镶黄、镶蓝、镶白、镶红旗，之前原有的四旗则改称正黄、正蓝、正白、正红旗；日后清朝的“八旗制度”，由此正式建立。
此时的八旗旗主，分别是：
正黄旗旗主：努尔哈赤本人
镶黄旗旗主：努尔哈赤本人
正红旗旗主：努尔哈赤次子代善
镶红旗旗主：代善兼领（小旗主：代善长子岳讬、三子硕讬）
正白旗旗主：努尔哈赤第八子皇太极
镶白旗旗主：努尔哈赤长孙杜度（小旗主：努尔哈赤第七子阿巴泰）
正蓝旗旗主：努尔哈赤第五子莽古尔泰（小旗主：努尔哈赤第十子德格类）
镶蓝旗旗主：努尔哈赤之侄、舒尔哈齐之子阿敏（小旗主：阿敏之弟济尔哈朗）
而各旗的实力如下：
正黄旗——四十五牛录
镶黄旗——二十牛录
正红旗——二十五牛录
镶红旗——二十六牛录
镶蓝旗——三十三牛录
正蓝旗——二十一牛录
正白旗——二十五牛录
镶白旗——十五牛录
可见，八旗之中，努尔哈赤所领的两黄旗实力最大，而镶白旗的杜度实力最弱小（没办法，都是褚英当年连累的）。
大明万历四十四年、后金天命元年（年），努尔哈赤建立“后金”，改元天命，自称“大金覆育列国英明汗”，和大明正式分庭抗礼，后金政权即清朝的前身。
大明天启二年、后金天命七年（年），努尔哈赤更定了各旗的标识制度，正色旗为纯色正四方形，中绣龙，龙首向后；镶色旗为五边形，右两边斜边，其余为直边；镶黄、镶白、镶蓝三旗镶红边，镶红旗镶白边，中绣龙，龙首向前方。此时的八旗旗主，除了岳讬升为镶红旗旗主外（代善不再兼领镶红旗），和努尔哈赤刚建立后金时没有改变。
天命八年（年），努尔哈赤将三个嫡幼子（大妃阿巴亥所生）——十二子阿济格、十四子多尔衮、十五子多铎都安排进入两黄旗，其中正黄旗由阿济格、多尔衮平分，镶黄旗则分出一半给多铎。努尔哈赤还立下了遗嘱，自己亲领的镶黄旗剩下部分，在自己去世后都给多铎继承。因此，多铎成为了镶黄旗小旗主，阿济格、多尔衮成为正黄旗小旗主（其中阿济格实际上已经是旗主。）另外，正黄旗在分给了阿济格和多尔衮之后，努尔哈赤亲领的就只有镶黄旗，因此，自努尔哈赤以后，除了豪格为镶黄旗旗主的一段时间、八旗以正黄旗为尊外，其他时间都是以镶黄旗为尊。
天命十一年（年）初，努尔哈赤将长孙、镶白旗旗主杜度调往镶红旗任小旗主（杜度：我招惹谁了），准备安排多尔衮接任镶白旗旗主，但不巧的是，努尔哈赤在这一年八月因伤病在叆鸡堡（今沈阳市于洪区翟家乡）突然去世，没来得及将多尔衮正式调任镶白旗旗主，而杜度已经调往了镶红旗，所以镶白旗一时间没有了旗主。
努尔哈赤去世后，围绕着汗位的归属，后金宗室贵族内部展开了激烈的争夺和博弈，最终，努尔哈赤第八子、正白旗旗主皇太极获得了最终的胜利，继承了汗位，成为后金第二代大汗。
皇太极即位后，实际上只掌握了正白旗一旗（二十五牛录），而阿济格、多尔衮、多铎三兄弟则握有两黄旗（六十五牛录），在实力对比上差距太大，于是皇太极立即以大汗的身份，将自己的长子豪格授为镶白旗旗主，抢占了无主的镶白旗。
由于多尔衮三兄弟年纪太小（阿济格二十岁、多尔衮十四岁、多铎十一岁），无法真正掌握两黄旗的实权，皇太极并没有对他们下死手，而是在表面上笼络照顾，依旧让他们领有两黄旗（以便控制利用）。不过皇太极以“汗王正统、必以尚黄”为由，将两白旗和两黄旗旗帜对换，原来自己控制的正白旗改为正黄旗，而豪格领有的镶白旗则改为镶黄旗，相对应的，阿济格的正黄旗改为镶白旗，多铎的镶黄旗改为正白旗，原来有机会成为镶白旗旗主的多尔衮则为新镶白旗小旗主（天聪二年，皇太极以阿济格私自给多铎说亲为理由，将阿济格降为镶白旗小旗主，由多尔衮接任镶白旗旗主；多铎的正白旗旗主不变）。
为了扩充自己的实力、削弱其他各旗旗主的实权，皇太极在继位的这一年（天命十一年），就迫不及待的下诏，在每个旗中增设“固山额真”，作为该旗的军政长官，负责处理本旗的户籍、训导、作训、农耕等事宜，管辖本旗的甲喇额真、牛录额真，以分旗主之权。不过在统辖范畴上，固山额真依旧是本旗旗主的属人，双方有着上下级的隶属关系（主仆关系），出兵征战指挥权，仍归旗主掌握。
大明崇祯三年、后金天聪四年（)五月，镶蓝旗旗主阿敏因为在永平之战中被大明经略大学士孙承宗抓住后金军换防之机、集结优势兵力攻击（后金所占据的）滦州，心慌意乱之下趁明军尚未到来前，放弃驻守的永平府，私自越过边墙，返回沈阳。皇太极闻讯后召集宗室王公商议如何处理，最后议定阿敏有失地、存异志、无人臣礼等罪，“当诛”。为显示宽宏大量，皇太极对阿敏减罪一等，免其死罪，但废黜旗主之位、幽禁终身，镶蓝旗全部划归小旗主、阿敏六弟济尔哈朗。
大明崇祯五年、后金天聪六年（年），正蓝旗旗主莽古尔泰病死，皇太极命正蓝旗小旗主、莽古尔泰的同母弟德格类接任旗主。三年后，天聪九年（年），德格类也因病去世，正蓝旗按规矩或者由莽古尔泰的儿子、或者由德格类的儿子接任旗主。但皇太极暗中授意莽古尔泰和德格类的同母姐莽古济的属人冷僧机出面控告莽古尔泰、德格类在生前和莽古济有私下勾结，并盟誓谋反，想要谋害皇太极、以夺取汗位。皇太极因此兴起大狱，将异母姐莽古济以谋反罪名凌迟处死，莽古尔泰、德格类也被论罪追夺生前的爵位和旗权，剥夺了他们的子孙对正蓝旗的继承权，莽古尔泰和德格类的儿子都被废黜了宗室身份，贬为庶人。没有了旗主的正蓝旗则被皇太极强行夺取过来，和正黄旗混编后，重新设立新的正黄旗、镶黄旗，均由自己亲兼旗主。而原镶黄旗则改为正蓝旗，豪格也因此改任正蓝旗旗主（阿巴泰的小旗主身份不变）。
大明崇祯九年、后金天聪十年、（年）四月，皇太极以上年平定蒙古察哈尔部、获取北元‘传国玉玺’为由，在盛京（沈阳）“即天子位”，将尊号由“大汗”改称“皇帝”，将国号从“大金”改为“大清”，改当年（天聪十年）为崇德元年，这就是清朝的开端，皇太极就是清朝的开国皇帝——清太宗。
皇太极称帝后，大封宗室为亲王、郡王、贝勒，其中：正红旗旗主代善封和硕礼亲王、镶蓝旗旗主济尔哈朗封和硕郑亲王、镶白旗旗主多尔衮封和硕睿亲王、正白旗旗主多铎封和硕豫亲王、正蓝旗旗主豪格封和硕肃亲王、镶红旗旗主岳讬封和硕成亲王、镶白旗小旗主阿济格封多罗武英郡王、镶红旗小旗主杜度封多罗安平贝勒、正蓝旗小旗主阿巴泰封多罗饶余贝勒。
崇德二年（年），皇太极为了更好地控制两白旗，于是借口整顿旗务，将两白旗打乱后混编，改镶白旗旗主多尔衮为正白旗旗主，正白旗旗主多铎则改任镶白旗旗主，阿济格旗分不变，依旧是镶白旗小旗主。
在皇太极接二连三的占旗、合并、拆分、调整后，八旗的旗主先后更换了数次，各旗的标识、属人也相应调整，最终，各旗旗主为：
镶黄旗旗主：皇帝（皇太极）
正黄旗旗主：皇帝（皇太极）
正红旗旗主：礼亲王代善（小旗主、代善第三子萨哈廉早逝，儿子勒克德浑年幼，暂时未继承小旗主）
镶红旗旗主：克勤郡王岳讬（崇德四年岳讬病逝，由贝子硕讬（代善次子）继任；小旗主：安平贝勒杜度）
正白旗旗主：睿亲王多尔衮
镶白旗旗主：豫亲王多铎（小旗主：武英郡王阿济格）
正蓝旗旗主：肃亲王豪格（小旗主：饶余贝勒阿巴泰）
镶蓝旗旗主：郑亲王济尔哈朗
大明崇祯十六年、清崇德八年（年），清太宗皇太极在盛京驾崩。如同十八年前努尔哈赤去世时的情景一样，清朝宗室贵族们又为了皇位的归属展开了争夺和博弈，其中皇太极长子、正蓝旗旗主豪格和努尔哈赤十四子、正白旗旗主多尔衮之间斗争犹为激烈，彼此绝不退让一步，几乎因此发生火并。最后，在正红旗旗主代善和镶蓝旗旗主济尔哈朗的调解下，豪格和多尔衮都放弃了对皇位的争夺，皇太极第九子福临则作为折中的人选被推举为继任皇帝，承袭皇位；福临即清朝入关后的第一代皇帝——清世祖顺治帝。
但在推选皇帝的博弈过程中，镶红旗旗主硕讬因为“阴谋拥立睿亲王、意欲挑起祸端”，被判定死罪，和侄子阿达礼（萨哈廉之子）一起被处死。镶红旗旗主由岳托长子罗洛浑继任。而正白旗旗主多尔衮、镶蓝旗旗主济尔哈朗则因皇帝年幼、无法治理国政的原因，被推举为摄政王，代理执掌朝政。
顺治元年（年），清军入关，开始了入主中原的历史。之后多尔衮利用摄政王的职权，将跟自己作对的正蓝旗旗主豪格陷害下狱，致使豪格瘐死狱中，正蓝旗也被多尔衮私自占据，没有交给顺治帝。
顺治六年（年）正红旗旗主代善、镶白旗旗主多铎先后去世，多尔衮将正红旗旗主授予代善之子满达海；将自己的正白旗和多铎镶白旗以及强占来的正蓝旗混编为新的正白旗、镶白旗，，将原正蓝旗和镶白旗对调，以多铎之子多尼为正蓝旗旗主，以原正蓝旗小旗主阿巴泰的儿子博洛、岳乐为小旗主，原镶白旗小旗主阿济格调任正蓝旗小旗主。调整旗分后，多尔衮自己亲领正白旗、镶白旗，实力几乎和顺治帝一样大（皇帝亲领镶黄旗、正黄旗）。
在这之前，顺治三年（年），镶红旗旗主罗洛浑也病逝了，其子罗科铎虽然才八岁，但在多尔衮的主持下，还是成为了镶红旗新一任旗主。另外，顺治帝的兄长（五哥）硕塞，在顺治帝的支持下、同时也有其他宗室王公权力平衡的考虑下，被加封为承泽亲王，进入镶红旗，成为小旗主。
所以，在多尔衮实际执掌清朝中枢权力的后期（顺治六年后），清朝八旗旗主的实际名单为：
镶黄旗旗主：皇帝（顺治帝）
正黄旗旗主：皇帝（顺治帝）
正白旗旗主：摄政王多尔衮
镶白旗旗主：摄政王多尔衮
正红旗旗主：巽亲王满达海（小旗主：顺承郡王勒克德浑）
镶红旗旗主：平郡王罗科铎（小旗主；承泽亲王硕塞；）
正蓝旗旗主：豫亲王王多尼（小旗主：英亲王阿济格、端重亲王博洛、贝勒岳乐）
镶蓝旗旗主：郑亲王济尔哈朗
顺治七年（年）十二月，多尔衮因坠马伤重，在古北口去世，顺治帝得以亲政。顺治八年（年）初，顺治帝追究多尔衮擅权、乱政的罪过，将其掘墓毁尸，追夺一切封典。而多尔衮生前费劲心思才调整完成的八旗旗主位置，顺治也更定推翻、重新加以调整，将属于多尔衮一系的旗主尽皆罢去，换上了自己的亲信，并将多尔衮的正白旗收归皇帝亲领，多尔衮之兄阿济格则夺爵，他的正蓝旗旗分被一分为三，分别划归正白、镶白、正蓝旗。
此后又有若干旗主因病去世或者出征阵亡，至顺治十七年（年），八旗旗主名单为：
镶黄旗旗主：皇帝（顺治帝）
正黄旗旗主：皇帝（顺治帝）
正白旗旗主：皇帝（顺治帝）
正红旗旗主：康亲王杰书（代善之孙）
镶红旗旗主：平郡王罗科铎（代善曾孙）
镶白旗旗主：显亲王富绶（豪格之子）
正蓝旗旗主：信郡王多尼（多铎之子）
镶蓝旗旗主：简亲王济度（济尔哈朗之子）
顺治帝将正白旗划归皇帝亲领后，镶黄、正黄、正白三旗，从此被称为“上三旗”，其余属于各宗室王公旗分的正红、镶红、镶白、正蓝、镶蓝旗，则称为“下五旗”。
也就在顺治十七年（年），顺治帝下诏，将八旗固山额真改汉名为“都统”，甲喇额真改汉名为“参领”，牛录额真改汉名为“佐领”。从这一年起，都统、参领、佐领各职从旗主原先的属人身份改为朝廷经制官员，由中枢委派至各旗处理军政要务，都统不再像以前一样世袭，而是“流官”，有任职期限。这样，原本是旗主私产的下五旗旗分，就逐渐转由朝廷委派的都统管理（当然，也有亲王、郡王等宗室担任过各旗都统，不过大都是名誉职位），旗主的对旗分的绝对管理权被逐渐削弱，到最后，只剩下宗法制度上的礼仪特权了。
康熙中期以后，康熙帝将成年的皇子们分到各旗（上三旗除外）去担任小旗主，从旗主们所占有的佐领中划拨旗分，这就更加侵占了原旗主们的本旗治理权和管辖权。不过以皇子出任下五旗小旗主、分割旗主的权力，将下五旗治理权慢慢收归中枢的过程是很漫长的，期间经历了康熙帝时期雍正帝时期将都统的满文名称改为“固山昂邦”（使都统和‘旗主’名号彻底脱钩）；乾隆帝时期的废除议政王制度，使旗主们失去了最后的政治特权；嘉庆帝时期的强化都统衙门管理制度，旗内事务尽由参领、佐领上报本旗都统后执行。
经过上百年的转化，至道光帝在位时期，下五旗的旗主：礼亲王世家、郑亲王世家、豫亲王世家、肃亲王世家、克勤郡王世家，除了还能掌握不多的保留旗分佐领外，其他的本旗佐领，早就归属于其他宗室子弟，或者归于公中（就是朝廷）了，八旗的军政管理权力，到了这个时候，总算可以全部被皇帝掌握于手中，“旗主”这个名位，也自然而然地消失在八旗制度中。
而道光皇帝承历代先帝的福荫，将八旗的权力全部收拢在手中的时候，在遥远的南方，广东珠江口，“虎门销烟”的历史性场面，也即将到来了。
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