八旗建立之初并没有明确的地位区分，只是在努尔哈赤去世后，八旗贵族之间发生了几次权力争夺，八旗之间的地位才开始发生了变化。努尔哈赤去世的时候，八旗中兵力最强的两个旗是正黄和镶黄，其中镶黄旗一个旗的兵力就相当于2个旗。由于努尔哈赤晚年宠爱多尔衮兄弟，两黄旗都被多尔衮兄弟控制，镶黄旗旗主是阿济格，正黄旗旗主是多铎。正白旗的旗主是皇太极，镶白旗的旗主杜度被努尔哈赤调走，镶白旗处于群龙无首的状态。
两红旗的控制者是代善，正蓝旗的控制者是莽古尔泰，镶蓝旗的控制者是阿敏。虽然皇太极只控制了一个正白旗，但是皇太极依靠着会做人的特点，同其他几个旗的将领关系很好，得到了很多人的支持。因此在努尔哈赤去世后，皇太极成功继承了皇位，并且夺取了镶白旗和正蓝旗的控制权。之后皇太极对这几个旗进行混编，并且同多尔衮兄弟的两黄旗换色，将自己掌握的三个旗分别改成了正黄旗和镶黄旗、正蓝旗。
皇太极去世之后，多尔衮和豪格竞争皇位，多尔衮的两白旗经过多年的经营，基本相当于三个旗的实力，支持豪格的两黄旗和正蓝旗同样实力强大，双方的实力基本不相上下。这时候镶蓝旗旗主已经换成了济尔哈朗，正红旗和镶红旗仍然在代善的控制之下。为了避免八旗发生内战，多尔衮接受了折中方案，选择年幼的福临作为皇帝，多尔衮和济尔哈朗成为摄政王。由于济尔哈朗实力弱小，多尔衮才是顺治前期朝政的真正控制者。
这一时期八旗的地位已经出现了变化，参与争斗的两白旗、两黄旗和正蓝旗地位明显突出，而两红旗和镶蓝旗的话语权明显不高。多尔衮因病去世后，顺治皇帝为了避免八旗贵族权力过大，将八旗中实力最强的两黄旗和正白旗收归皇帝直属。由于这三个旗被皇帝直接控制，地位相对突出，因此被人们称为“上三旗”，而剩下的五个旗设有旗主，被称之为“下五旗”。
雍正皇帝统治时期，划分了八旗会议的座次，其中镶蓝旗被安排在了最角落的位置，属于八旗里面地位较低的一个旗。镶蓝旗的地位比较低，主要有两个重要原因。第一个原因是镶蓝旗的实力比较弱，在两次皇位争夺中都不是主角，两红旗的实力虽然也不强，但是两红旗都控制在代善一个人的手中，加起来的实力并不弱。
第二个原因是由于镶蓝旗旗主不是努尔哈赤的后人，镶蓝旗最初由努尔哈赤的弟弟控制，后来由努尔哈赤的侄子阿敏控制，最后又被阿敏的兄弟济尔哈朗控制。八旗的其他几个旗主都是努尔哈赤的后人，镶蓝旗的旗主是努尔哈赤弟弟的后人，血缘关系上的亲疏是镶蓝旗旗主座次最低的主要原因。实际上在雍正时期，八旗旗主的地位已经大不如前，只有名义上比较尊贵，因此旗主们的地位高低，对于旗主们身份地位的影响非常小。
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