在清朝，上三旗的说法，从顺治帝掌权后才开始出现。正是他，把镶黄旗、正黄旗和正白旗定为上三旗，并一统上三旗之权。那么，为什么正白旗能与两黄旗平起平坐，并列为上三旗呢？
这与八旗制度的演变有很大关系。
简单来说，旗是一种兵农合一的组织，平时生产，战时参战。旗的基本生产作战单位是牛录，每个牛录大概人，由牛录额真统领，每旗设一旗主。旗的地位高低，除了看旗主地位外，更重要的是要看每一旗之下牛录的多寡，牛录越多，人就越多，兵力就越多，地位也就越高。
努尔哈赤最初起兵时，还没有八旗，也没有白旗，只有一旗，也就是黑旗。随着实力的增强，他又扩充了两旗，一个是黄旗，一个就是白旗。努尔哈赤自己掌黄旗，把白旗给了褚英，黑旗则给了舒尔哈齐。
后来，褚英被杀，白旗遭到拆分，从中析出了正白、镶白和正蓝三旗，旗主依次是皇太极、杜度和莽古尔泰；而黑旗因舒尔哈齐被杀，也被拆分，从中析出了正红、镶红、镶蓝，旗主依次是代善，岳托，阿敏。努尔哈赤亲掌两黄旗，这就是最初的八旗。
之后，努尔哈赤开始思索后事。他的两黄旗一共65个牛录，他想让多铎、阿济格和多尔衮平均分配45个，一人15个，剩下的牛录自己留着用，作为亲军，同时指示多铎为正黄旗主，阿济格为镶黄旗主，而自己的亲军交给多铎，多尔衮没做具体交代，但努尔哈赤许诺，未来将会交给他15个牛录。
结果，努尔哈赤死时，并没有顾得上交代后事，皇太极一举夺得汗位，然后就开始着手巩固权力。他把属于自己的正白旗改色为正黄，所以多铎的正黄就变成了正白，阿济格的镶黄就变成了镶白。但是，多尔衮的15个牛录挂靠到了多铎的正白旗下，所以实力最强的其实是多铎。于是，皇太极就又把原来的镶白夺过来，改色为镶黄，由其子豪格来掌握，用以扩充自己的权力。
接着，正蓝旗的莽古尔泰败落，皇太极把正蓝旗揉到自己的正黄旗里，重组为正黄和镶黄二旗，又从中拿出8个牛录给豪格，与他原来的镶黄旗合并，改色为正蓝旗。不久皇太极又废掉阿济格的旗主之位，把镶白旗交给多尔衮，然后又把正白旗镶白旗重新混编，由多尔衮掌正白旗，多铎掌镶白旗。
这样，皇太极父子就占有了正黄镶黄正蓝三旗，从实力上压过了多尔衮、多铎两兄弟。
后来，皇太极去世，多尔衮乱中夺权，另立福临为帝，是为顺治帝，又把豪格整倒，夺其正蓝旗，编入自己的正白旗中，组成正白镶白二旗，然后多铎的原镶白旗改色为正蓝旗，正白旗的实力达到了最强。
但随着多尔衮死去，顺治帝掌权，他先是清算了多尔衮，将其开棺戮尸，又想清算多尔衮的正白旗。但顺治帝却发现，由于多尔衮掌权日久，朝堂上下到处都少不了正白旗的痕迹在，所以顺治帝只好做出妥协，对正白旗不做清算，但要将正白旗、镶黄旗和正黄旗收归自己所有，自任旗主，并定这三旗为上三旗，而隶属于这三旗的旗兵只能驻扎在京畿一带。
实际上，直到康熙年间，正白旗的势力仍然存在。康熙帝年幼时，四大辅政大臣之一的苏克萨哈就是正白旗，但很快，鳌拜就参倒了苏克萨哈，正白旗由此一蹶不振，但仍保有上三旗之尊。
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