八旗中的两旗（后来增至三旗）由汗王(皇帝)直接统领，其它六旗（后来减至五旗）均由汗王(皇帝)的兄弟、儿子、侄子统领。
这样做的目的，就是起到“拱卫”的作用，巩固宗室统治，以使政权不落入外人之手。
八旗的来源，众所周知。它最初源于女真人的狩猎组织--牛录。平时皆民，战时为兵。
随着人员不断增多，为便于统一指挥大规模的围猎或作战，就将若干人为编一个牛录，若干牛录编为一个甲喇，若干甲喇为一个固山。
为了区分所属团队，增加辨识度，就以各色旗帜作为各团队的标志，起到导引作用。
旗帜在满语中称为"固山"，汉语称"旗"。
明万历二十一年(年)，努尔哈赤对“牛录”组织首次进行大规模改组，编为四大团队，分别以黄、白、红、蓝色旗帜为标志。也即四旗。
随着建州女真吞并除叶赫之外的所有女真部落，而且蒙古族也多有归附，“牛录”人员规模剧增。
于是，明万历四十三年(年)，努尔哈赤对“牛录”组织再次进行大规模改组，设为八个旗：将原红旗分为正黄、镶黄二旗，原白旗分为正白、镶白、正蓝三旗，原黑旗分为正红、镶红、镶蓝三旗。
八旗自此开始建立。
八旗最初的旗主分别是：正黄旗主、镶黄旗为努尔哈赤，正红旗、镶红旗主为代善，正白旗主皇太极、镶白旗主杜度、正蓝旗主莽古尔泰、镶蓝旗主阿敏。
爱新觉罗·代善，是努尔哈赤的第二子，骁勇善战，军功卓著，内佐国政，外统重兵，地位及权势显赫。后来，他先后拥立皇太极、福临登基称帝。
爱新觉罗·皇太极，是努尔哈赤的第八子。努尔哈赤去世后，皇太极受推举袭承汗位，后来改女真族名为满洲，在沈阳称帝，建国号大清。
爱新觉罗·杜度，是努尔哈赤的长子爱新觉罗·褚英的长子，也即努尔哈赤的长孙。
爱新觉罗·莽古尔泰，努尔哈赤的妃子所生的嫡子，英勇善战。天聪九年(年)，莽古尔泰因为谋反，被皇太极追夺爵位，同时取消正蓝旗建制，属员被分别编入正黄、镶黄旗，"八旗"一时成了"七旗"。
但是时隔不久，皇太极恢复了正蓝旗。
爱新觉罗·阿敏，努尔哈赤之弟舒尔哈齐的次子，也即努尔哈赤的侄子，骁勇善战，是宗室名将。天聪四年(年)，与明军交战时，阿敏弃城投降，被皇太极处以幽禁、剥夺财产。他弟弟济尔哈朗代替他成为镶蓝旗旗主。
可见，八旗最初的旗主，除了努尔哈赤本人之外，就是战功卓著的儿子及侄子。
皇太极继位之后，为巩固权力，将正黄、镶黄旗改色为正白旗、镶白旗，将自己亲领的原正白旗改色为正黄旗。并且夺取爱新觉罗·杜度的原镶白旗主之位、交由皇太极的长子豪格担任，改色为镶黄旗。
而且，皇太极在每旗设立一名“固山额真”，管理旗务诸事。从而分散了旗主们的权力。
皇太极时期，为扩大兵源，在满洲八旗的基础上，创建了蒙古八旗和汉军八旗，构成八旗军的整体。
汉军八旗的兵员主要来源，是明末主动归附后金，以及在之后战争中被清朝掳掠的人丁，以汉人为主，也有少部分汉化女真人和蒙古人。
蒙古八旗和汉军八旗的旗色、建制，与满洲八旗相同，惟地位略低于八旗满洲，而高于八旗汉军。
满洲八旗隶属各旗满洲都统，蒙古八旗隶属各旗蒙古都统，汉军八旗隶属各旗汉军都统。
八旗逐渐成为纯粹的军事化组织，皆以兵籍编制。
多尔衮死后，顺治帝亲政，收多尔衮所辖的正白旗归皇帝统领。从此，皇帝直接统领正黄、镶黄、正白旗。
清军入主中原以后，宗室王公、皇子分府都分属镶白、正红、镶红、正蓝、镶蓝这五旗。
由此就有了上三旗、下五旗的区别。上三旗是皇帝的亲兵，担任禁卫皇宫等任务，下五旗则驻守京师及各地。
为加强军事防御，八旗分散在京师与各地驻防，逐渐分布于全国的军事要地，实行永久驻扎。
后来，八旗又可分为外八旗和内八旗。外八旗包括满洲八旗、蒙古八旗、汉军八旗，内八旗包括内务府属三旗、王公府属五旗。
而且，旗人享有优惠政策和特权，造成了旗人的颓废和寄生性，八旗官兵出现追求享受、战斗意志衰退、军纪败坏的倾向。
到后来，很多八旗子弟成为寄生虫，甚至沦为流民、痞棍和无赖。
八旗制度从产生到清朝覆亡的几百年间，不断演变、完善，但是由皇帝、诸王、贝勒担任旗主的祖制一直未变。
八旗制度是清代的根本制度，它既是清王朝取胜的重要因素之一，也使清王朝最终走向衰败没落之路。
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