八旗最早源自“牛录制”，实际上即是当时清太祖为了更好统帅手下人，将他们以某一个数量为单位进行了编队。比如说，以一百个成年男子编为一个小队，而这些成年男子及其家庭后裔便世世代代都属于这个小队。这种小队的满语叫牛录（满文niru），汉语叫佐领。后来小队越来越多，为了方便管理，就在其上加设了中队和大队，也就是几个小队隶属一个中队，几个中队隶属一个大队。这种中队的满语叫甲喇（满文jalan），汉语叫参领。大队的满语叫固山（满文gūsa），汉语叫旗。前前后后，一共建立了八个大队，他们依照颜色进行区分，这就是从“牛录制”发展到了“八旗制”，八个大队也就是正黄旗、镶黄旗、正白旗、镶白旗、正红旗、镶红旗、正蓝旗、镶蓝旗八个旗。
再后来随着八个大队的人口进一步增加，每个大队内部又根据人丁特点不同分成了三个大队，这就分成了满洲八旗、蒙古八旗和汉军八旗，故而也被称为“二十四旗”。
八旗没有高低之分，但是有“排序”的先后。清代八旗的“领主”和“旗主”在清前期经常更变，最后在顺治朝基本固定下来，其格局为：镶黄旗、正黄旗、正白旗三个旗内不设领主，直属皇帝，因为这三个旗的旗主都是皇帝本人，故而这三个旗被称为“上三旗”。而剩下的五个旗，则分给各个高等皇族作为“领主”，各旗有一个“旗主”，故而被称为“下五旗”。在确立上三旗和下五旗的同时，还确立了八旗正式的排序为：镶黄旗、正黄旗、正白旗、正红旗、镶白旗、镶红旗、正蓝旗、镶蓝旗，以镶黄旗居首，所以镶黄旗还得到了“头旗”这个特殊的称呼。但是说到底，这个排序跟旗人的身份没什么关系，并不是说镶黄旗的人就比正黄旗的人高贵如何。
清代皇族多数不是正黄旗的。一个皇族宗支的祖先都是一位皇子，所以大多数都是入八分的宗室王公。在此影响之下，他们是不可以进入上三旗的。这就是宗室的旗籍一般都是下五旗的原因。比如说我们所熟知的十二家“铁帽子王”，礼亲王、顺承郡王在正红旗，肃亲王、醇亲王在镶白旗，庄亲王、克勤郡王在镶红旗，睿亲王、豫亲王、怡亲王在正蓝旗，郑亲王、恭亲王、庆亲王在镶蓝旗。
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