赵尔巽籍隶汉军正蓝旗。其十世先祖由奉天铁岭从龙入关，此后世居北京。其祖父、父亲，均为进士出身。道光二十四年（），赵尔巽出生在这样一个官宦世家。赵尔巽兄弟四人，他行二。大哥赵尔震与其同年中进士，官至工部主事，后因修西陵工程有功被授二品衔。其幼弟赵尔萃，年中进土，历任直隶州知州、三品衔候补道。三弟赵尔丰虽只为道员出身，但后来官至四川总督。如此，仅赵尔巽兄弟四人，就有“一门三进士，弟兄两总督”。再加上赵尔巽的祖父、父亲、叔叔，在短短66年内，则是“一门六进士”了，可谓罕见。
主政湖南
年，赵尔巽由监生中式，为顺天乡试举人。年进士，改翰林院庶吉士。年散馆授职编修，后历任国史馆协修官、湖北乡试副考官、福建道监察御史、镶白旗官学管学官、广东道监察御史等清要职位。光绪十一年，京察一等，奉旨记名以道府用，当年十二月奉旨补授贵州贵阳府遗缺知府。光绪十二年十二月，出任贵州石阡府知府。光绪十四年，题补为贵阳府知府。十九年题升为贵东道。光绪二十年，擢为安徽按察使。后任陕西按察使，升任新疆布政使。光绪二十五年八月十六日丁母忧。二十七年十一月十六日服满起复。二十八年四月初九日奉上谕补授山西布政使。旋又护理山西巡抚。
年1月，赵尔巽由山西布政使调充湖南巡抚。下车伊始，他把创办新式教育作为“新政”的第一急务。当时清政府规定各省书院一律改为学堂，因此久负盛名的岳麓书院计划改为湖南大学堂，但旧派人物、岳麓书院山长王先谦等人百般阻挠，此事搁浅。赵尔巽下令将已成立的高等学堂迁到书院内，迫使王先谦等人离开。赵尔巽的新政措施，受到常德学务帮办、新派人物熊希龄
等人的大力支持。熊希龄响应巡抚衙门要求各道、府设一所师范学堂，以解决中小学堂师资匮乏问题，联合湘西士绅上呈一份在常德共同设立西路师范学堂的禀稿。赵尔巽阅后，批准照办。年秋天，西路师范学堂成立，熊希龄担任副办，实际主持校内外一切事务。他的办学才干，逐渐受到赵尔巽的赏识。
当时，英、日等国矿商纷纷勾结地痞流氓收买矿契，掠夺湖南境内矿山。名叫卜洛克的英商携三十万银子跑到长沙，设立商号，贿赂当局，图谋采矿。为保卫矿权，熊希龄等人经深思熟虑，觉得“非购地不足以保矿”，于是向巡抚府呈文．要求设立矿务购地公司，将矿权集中于人民之手，并建议将原有阜湘、沅丰两公司合并为湖南全省矿务总公司，以抵制外商插手湘矿。赵尔巽欣然采纳这一建议，于当年6月成立矿务总公司，布告通商各埠：“凡华洋人来商办矿，均须总公司章程不得违越。”有效保全了湘省矿权。这一办法被视为全国样板，先后有九个省参照湘矿公司章程办理矿务。
经过几个月的考察，这年底，赵尔巽上奏朝廷，极力推荐熊希龄，恳请免除对熊的严加管束。当时清廷正需要笼络维新人士，又看在封疆大吏的面上，降旨照准。赵尔巽立即委任熊为西路师范学堂监督，放手让他办理一切学务。赵尔巽在湖南所办的多项新政，诸如废除书院、创办各级学堂、派遣留学生、裁撤绿营、编练新军等，均找熊希龄商量对策．熊希龄知恩图报，尽力出谋划策．次年5月，赵尔巽调离湖南，由端方继任巡抚一职。赵尔巽不忘向新任巡抚推荐熊希龄，使他继续受到重用。熊希龄后来怀念赵尔巽时说“龄弟不才，受知实深”，乃肺腑之言。
清朝最后一任东三省总督
年署理户部尚书。光绪三十一年（年），赵尔巽任盛京将军，相当于后来的东三省总督地位。在任时着意整理财政，开始成立财政局，铸造银元，创办东三省银号，发行纸币。因其措施得当，为人清廉，在任两年，使奉天省财政大有改观。
年东三省改制，盛京将军的职务被东三省总督所取代，首任东三省总督徐世昌上任后，赵尔巽被调离东北，出任湖广总督、四川总督兼成都将军。四年后的年5月22日赵尔巽再次被派往沈阳，出任第三任东三省总督。时值武昌起义爆发，各省革命气氛热烈，奉天省革命党人正准备约定时间举义响应，赵尔巽以“保境安民”为名调集大军准备镇压，革命被迫转入地下。中华民国成立后，赵尔巽被解除职务去青岛隐居。赵尔巽来青岛后住在宁阳路。当时青岛人因其巷中住有清朝遗臣，遂名“清官巷”。不久，王公大臣蜂拥沓至，多居巷中，于是众人又呼为“赃官巷”。赵尔巽用大量资金在青岛购置大片房产，他在高密路、天津路、海泊路等建了一大批房子出租或出卖，是当时青岛首屈一指的大富翁。
反对共和
年2月清宣统帝宣布退位，赵尔巽的心腹谋士、保安会参议总长袁金铠代赵尔巽草拟的“东三省反对共和十二条”。在外交上也是只承认大清帝国与各国所订之条约，其他“概不与闻”。随后赵尔巽、张作霖、袁金铠等人周密策划，对奉天乃至东三省全境的革命党人和无辜平民进行大规模屠杀。据当时的报告称：“前后为赵尔巽、张作霖等肆意残杀同胞人达数千以上，及集合各要地进退维谷者不下数万人，乃赵尔巽犹派兵剿捕，日事搜杀，军队所至，殃及妇孺，灭绝人道，至此已极。刻虽赞成共和，实为民军公敌。”
辛亥革命后，逊清王公贵族、高官大吏纷纷跑到青岛居住。赵尔巽长期担任巡抚、总督之类的高官，宦囊充实，初来乍到便住进德国人兴建的斯脱兰大饭店。会前旅馆租金很贵，可每年夏天都人满为患，让赵尔巽很不舒服。搬入新居后，不甘寂寞的赵尔巽与陆润庠、劳乃宣等旧官僚组成“十老会”，常常怀念过去当官的日子。隆裕太后驾崩时，遗老们在胶州海关举行公祭，赵尔巽因悲伤过度，又加上遭遇风寒，竟卧病不起。
袁世凯窃取总统职位后，多方拉拢有名望的人士。年他下令成立清史馆，聘请能员编撰《清史》，拟定赵尔巽为馆长，于式枚、刘廷琛二人为副馆长。赵尔巽于年受袁世凯之聘，出任清史馆馆长。醉心于恢复帝制的袁世凯想藉清史馆延揽胜朝遗老、山林隐逸之士，争取他们的同情与支持。而赵尔巽则想通过纂修清史，以示不忘先朝隆恩。
潜心编史
袁世凯刚上任时，曾邀请赵尔巽出山，赵以“不当二臣”拒绝，还自比为义不食周粟的伯夷、叔齐，声称“青岛就是首阳山”。虽然答应国史馆长之聘，但赵尔巽以生病为由，迟迟不肯动身赴京。他提出了一个条件，就是为他弟弟赵尔丰“昭雪罪名”。赵尔丰在四川保路运动中杀害请愿民众，成为辛亥革命的导火索之一，其民愤极大，被老百姓称为“赵屠夫”。武昌起义后，赵尔丰被革命党人镇压。袁世凯知道赵尔巽的意图后，立即授意黑龙江护军使朱庆澜上呈为赵尔丰议恤立传。然后，派人赴川调查赵尔丰事件，最后为其“昭雪罪名”。赵尔巽见条件已经满足，就赴京任职。他宣称：“我是清朝官，我编清朝史，我做清朝事，我吃清朝饭。”又自诩为三国时的关羽“降汉不降曹”。赵的做法遭到许多遗老的谴责。
年3月，赵尔巽被袁世凯召为清史馆馆长。赵尔巽到任后，立即在秦老胡同设置清史馆临时筹备处，着手组织筹建工作。他起初预算开办经费为一万元，每月常用经费一万二千元，实际需临时开办费二万元，每月经费二万二千元。当时清史、国史两馆同时筹建，预算也同时递交。财政部向国务院上报说，国史馆预算经费每月仅八千多元，比清史馆节省得多。赵尔巽对财政部将两馆相提并论，且为国史馆抱屈的说法大为恼火，上书袁世凯，呈请清史馆缓办。其时国史馆长王]运因与馆员意见不合离京返湘，受其影响，赵尔巽也萌生退意。袁世凯闻讯，一面安抚赵尔巽，一面谕令财政部从速向清史馆如数拨款，筹建工作才继续进行。
进值军阀混战，国力衰微，经费极为紧张，特别是年后，费用几乎到毫无着落的地步。赵尔巽对清王朝心怀眷恋之情，认为事关一代国史，“失今不修，后业益难著手”，再困难也“不敢诿卸”。一方面节约开支，敦促同仁加快进度、多尽义务，一方面以其资望向各军阀募捐，并言：“不能刊《清史》，独不能刊《清史稿》乎！”终于年编成《清史稿》，为研究清朝历史提供了权威史料，并极尽褒扬之辞。当年9月3日赵尔巽在北京病逝，时年83岁。翌年，《清史稿》正式付印出版。
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