满清的八旗制度非常特殊，是他们专有的一种制度，而且在不同时期，也有着不同的改变。
编制制度
八旗制度最早由每户出壮丁实行“三丁抽一”，组成军队。万历二十九年（年），努尔哈赤把人编为一牛录（牛录原是满族狩猎的一个小集体，开始只有10人），每牛录设额真（管理者）一人；五个牛录为一个甲喇，设甲喇额真一人；五个甲喇为一个固山（旗），设固山额真一人；固山额真下设左、右梅勒额真作为副手。每固山设旗一面。
这个编制最早只有黄、白、红、蓝四旗，后来努尔哈赤兼并了海西女真，才正式建立八旗，即正红、正黄、正蓝、正白、镶红（镶白边）、镶黄、镶蓝、镶白（以上三色镶红边）。
后来，皇太极征服察哈尔、喀喇沁蒙古后，增设蒙古八旗；征服辽河流域后，又增设汉军八旗。当时八旗的兵力分别为：满洲八旗9.3万人；蒙古八旗2.36万人；汉军八旗3.2万人。
建立初期
八旗制度是满族一种社会组织形式，并不只是一种军制。在其建立初期，旗人“出则为兵，入则为民”，是一种兵农结合、耕战结合的组织，兼有军事、行政和生产三方面的职能，有点类似于我们早期的屯田制度。随着满清的不断扩张，八旗制度开始主要向军事方面发展。
入关之后
清军入关后，八旗制度的生产方面意义日趋缩小，另两方面的职能继续存在。从顺治时期开始，清朝对八旗制度重新定制，官员职称一律改用汉语，固山额真改称都统，梅勒额真为副都统，甲喇额真改称参领，牛录额真改称佐领。后来，从八旗中也编制出了新的军种。例如：
亲军营，归侍卫处管理的禁卫部队，由领侍卫内大臣统领，其任务是配合侍卫保卫皇帝、护卫皇宫；骁骑营，也就是骑兵营；前锋营，是八旗的精锐，在皇帝出巡驻止时，担任外围警卫；护军营是皇帝的禁卫军，平时守卫宫殿门户，皇帝出巡时，任御营警卫，他们的长官就是有名的“提督九门步军巡捕五营统领”（俗称步军统领或九门提督）；还有火器营和健锐营；到了清朝的中后期还有神机营。
八旗兵在在满清开国之初的战斗力很强，入关后，在平定“三藩”，新疆、西藏，抗击沙俄的斗争中都曾起过重要作用，并对开发东北、西北边疆作出过贡献。可其腐化堕落的速度也很快，清朝的中前期就开始依仗绿营兵，到了中后期，朝廷就只能依靠地方上崛起的湘军、楚军、淮军了。
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