康熙后期，朋党之争持续时间之长，范围之广，影响之大，是清代历史上绝无仅有的。所谓的朋党指的是师生、亲友、地缘等途径结成的官僚利益集团。但追根溯源，朋党之争主要还是和满族的传统密不可分，而这个传统就是八旗制度。
一，只知有旗主而不知有君王
努尔哈赤创立的八旗制度，使各旗的和硕贝勒（旗主）拥有很大的权力，分别成为本旗的所有者和军事统帅，与旗下人的关系既是君臣，又是主奴。
八旗的基本单位是牛录，是努尔哈赤作为一国之主所赏罚予夺的主要家产。他在世时，有权在各旗间调换牛录，而他一旦去世，即位的皇太极便与八旗旗主贝勒处于等同的地位，他无权处分兄弟子侄的家产。
天聪四年（年），镶蓝旗旗主贝勒阿敏获罪，他的户口等财产被削夺后要全部交于其弟济尔哈朗，作为舒尔哈齐一支的大族长和镶蓝旗主旗贝勒虽然易人，但只能在本支宗亲中拣选继任者。这一点可以说在八旗中是普遍适用的。
八旗贝勒对旗下牛录拥有的占有权，即使是拥有最高统治权的君主也不能随意处置，这是后金乃至清初时期的大致情况。到了康熙晚年，虽然在一定程度上对八旗旗主有所遏制，但总体来看，旗主所拥有的权力仍然是皇权高度集中的一大障碍。
二，限制和约束八旗旗主的权力
为了改变“只知有管主，不知有君上”的八旗旧有传统，自皇太极开始，经顺治，一直到康熙时期，都致力于打破原有的隶属关系，重新确立皇权至上的核心体制。
八旗中，由于上三旗是天子自将，皇帝即是一国之君，也是上三旗的大族长，旗属人效忠皇帝是自然，但下五旗的情况就不同了。康熙年间，以下五旗为王公贵族分封之地，和硕亲王不再像清初那样领有全旗，而是由皇帝从上三旗拨给十五个满、蒙、汉军旗分佐领和包衣佐领作为私属，亲王以下诸、贝勒，也分别领有若干佐领。
此举虽然破除了旗主专擅一旗的积弊，但王公贵族仍以所得佐领为私产，在子孙中承袭，对于所属佐领的旗人任意差遣役使。也就是说，下五旗旗人有两重身份，他既是国家的官属，又处在本旗旗主的支配之下。
下五旗旗人对于旧日领主的人身依附关系是很强的，由于“诸王各有臣属，视各忠其主为祖宗定制，此本八固山以来，太祖设立特殊之纲纪，旗员中有视为天经地义者”。
由于八旗大臣与旗主贝勒王等存在隶属关系，其交往也视为固然，但这却妨碍了国家政务的公正性，尤其给结党营私提供了机会。因此，康熙时期一如既往着手解决诸王与大臣相交结之事，并多次制定限制条例。
康熙十八年八月十一日九卿遵旨议复，就有这样的条款：
“督抚、司道官员赴任时，谒见在京大臣各官，或自任所差人问候及在京家人等，来往大臣各官之家，将督抚、司道并不行出首之大臣官员，俱革职。若不知者降二级，两家家人俱正法。若有因事营求苛派馈送大臣官员者，将馈送收受之人，俱革职拿问。”
由于八旗内以旗分佐领定亲疏，因为凡事不问是非，而先问是否本旗、本佐领。康熙五十五年九月，西安将军席柱贪污案发后，康熙震怒说：“西安将军席柱，原系微贱之人，因有军功，渐次升用为副都统、护军统领。任都统时，放官及放披甲、拨什库混索贿赂。此处朕不知，真情尽露，此无人不知者。其同旗为科、道之人，岂有不知之理？然竟无人参出。”
康熙晚年多次申饬下五旗贝勒大臣结党营私，并将皇子各结党援、互争雄长归咎于下五旗。康熙四十八年三月初十日，在第二次册封皇子时，康熙痛斥：“五旗诸王，并无一人念及朕躬，竟以朕躬为有何关系，惟各饱暖是图”，又说：“承袭诸王、贝勒、贝子等日耽宴乐，不事文学，不善骑射，一切不及朕之诸子。又或招致种种匪类，于朕诸子间肆行谗谮，机谋百出，凡事端之生，皆由五旗而起”。
三，旗人各护其主，徇私结党
二废太子后，康熙诸皇子蠢蠢欲动，上演争储大戏。由于诸皇子各结势要，其属人也是各护其主，这也是康熙帝迟迟不愿再立太子的主要原因之一。康熙五十二年二月初二日，康熙说：“今众皇子学问见识不后于人，但年俱长，已经分封，其所属人员未有不各庇其主者，即使立之，能保将来无事乎？”
八旗内各护其主，凡有举荐，皆其旗分、党类，康熙三十九年九月十七日，康熙帝谕大学士等曰：“旗下大臣子弟，今皆令入部院衙门，大臣交相顾庇，一应升迁、出差全不论俸之深浅、人之优劣，擅徇情面，选择保奏，其间揽事恣行者亦有之。此辈在部院衙门，大臣等彼此相托，不无掣肘。”为此，康熙帝令八旗官员也实行回避制度，以免朋党相结。
八旗的这种各护其主的传统做法，在诸皇子党争中表现得十分突出，这也是康熙晚期党争牢不可破的原因所在。在康熙时期的朋党中，八旗大家族的崛起及其加盟党争中也是颇具民族特征的问题。
本来，以血亲为基础的大家族力量是中国封建社会的基本组织，但它又是社会文明不发达的产物，并与以皇权为核心的封建统治形成既矛盾又统一的关系。在一个基层组织中，这种家族力量起到了维系稳定的作用，但让其势力介入到国家政权，则无疑是一种离心力量。
自东汉至魏晋南北朝，大家族势力具有举足轻重的地位，东晋有“王与马共天下”之说。但是，随着科举制的普遍推广，作为入仕的基本条件，要取得进士资格，这对势家大族是个很大的打击。因此，宋明以来，家族势力在国家政治生活中再也不能发挥以前那样的作用。当然，清代国家政权中家族势力的兴起，是与其传统习惯以及满族自身文明状态有关的。
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